PODA DE RAÍZES
De Tempos em tempos todos os Bonsai necessitam ter o solo substituído e com a sua substituição, as raízes podadas. Mas quando é que isto deve acontecer? Visto que o desenvolvimento de raízes é mais acentuado nas plantas mais jovens o intervalo de tempo entre cada transplante é variável, sendo fundamentalmente, ditado pela espécie e idade da árvore da seguinte forma:
➡ IDADE ATÉ 10 ANOS: Transplantar o Bonsai de dois em dois anos. Para as espécies tropicais cujo crescimento das raízes é rápido, transplantar anualmente.
➡ IDADE DE 10 A 20 ANOS: O transplante é efetuado a cada três anos.
➡ IDADE MAIS DE 20 ANOS: O transplante acontece segundo observação da massa radicular, para tal levantar a árvore do vaso e observar o estado do bolo terra/raízes, se não existir solo suficiente e as raízes ocuparem todo o vaso, então está na altura certa. Em casos extremos, as raízes fogem mesmo do vaso através do furo de drenagem.

REPLANTIO OU TRANSPLANTE PASSO A PASSO
Levantar a árvore do vaso. Dependendo da forma da borda do vaso e/ou da condição do torrão, pode ser necessário o uso de uma espátula para a sua libertação. Destorroar com o auxílio do palito, ou de um gancho apropriado (este último para torrões maiores), é feita a remoção do solo, em seguida, libertando/desembaraçando ou penteando as raízes mais finas, com movimentos radiais e no sentido do centro para a borda, evitando danificá-las. Em casos extremos, quando o torrão, ou parte deste, está muito compacto, deve-se usar água (por imersão ou jacto) como auxiliar.
As raízes podem ser irreversivelmente danificadas se expostas ao sol ou ao vento - cuide para que não se desidratem.
☯ PODA DE RAÍZES: deve ser feito o desbaste das raízes de modo a equilibrar o comprimento das mesmas, cortar cerca de um terço (1/3). Em caso de podar uma raiz mais grossa, aplique uma massa vedante apropriada, o corte deve ser feito de uma só vez com tesoura afiada para não esmagar.
☯ PREPARAR O VASO: normalmente utilizamos o mesmo vaso. Primeiramente o vaso é lavado e aplica-se nos furos de drenagem uma rede fina de Nylon para evitar que o solo saia.
☯ PLANTAR: cobre-se o fundo do vaso com uma fina camada de gravilha ou areão para facilitar a drenagem e com isso evitar que as raízes fiquem "ensopadas" e apodreçam. Cobre-se esse areão com uma camada de solo e assenta-se a árvore no vaso distribuindo as raízes em círculo. Cobrem-se com a mistura de terra de que já falámos anteriormente . Com um palito é feita a acomodação do substrato entre as raízes. Deve-se depois apertar bem a terra com a ajuda de uma pá para eliminar possíveis bolsas de ar nas raízes e ter o cuidado de deixar visíveis as raízes grossas junto ao tronco, elas conferem maturidade ao Bonsai. Termina-se cobrindo com musgo, o qual tem dupla finalidade; o de manter a húmidade e o de embelezar o projecto assim como facilitar a sua rega. Pode ainda aplicar-se algumas pedras decorativas no vaso, aconselho a pedra vulcânica japonesa Ibigawa, existe à venda nos centro Bonsai.
☯ REGA: concluindo o replantio, efectua-se uma rega intensa. Mergulhar o vaso até meio numa bandeja de água durante uns minutos. Só deve voltar a regar quando a terra esteja seca, ter em consideração que as raízes foram cortadas e estão sensíveis, facilmente podem morrer. Durante três semanas evitar expor o Bonsai ao sol e ao vento.

  ATENÇÃO: A operação de poda e reenvaso deve ser efectuada somente no inicio da época vegetativa, inicio da Primavera, logo que brotem as primeiras folhas. Esta é a época em que as raízes estão em crescimento, no entanto, cada espécie é única e diferente. Assim, por regra as árvores jovens necessitam de um transplante anual e à medida que aumenta a idade, o intervalo do reenvaso aumenta também, chegando a ser de 5 em 5 anos nos exemplares mais velhos, no entanto, por norma, uma árvore adulta pode ser transplantada a cada 3 ou 4 anos.

Veja abaixo a melhor época para o reenvaso de cada espécie:
 Acer - de Fevereiro a Abril
 Rhododendron - de Fevereiro a Abril
 Prunus Mume - de Fevereiro a Março
 Malus - de Fevereiro a Março
 Pinus - de Março a Abril
 Wistaria floribunda - de Março a Abril
 Zelcowa - de Fevereiro a Abril
 Celtis - de Fevereiro a Abril
 Camelia - de Fevereiro a Abril
 Carmona - de Maio a Agosto
 Ficus - de Abril a Agosto
 Gardenia - de Fevereiro a Março
 Ulmus - de Fevereiro a Abril
 Sageretia - de Março a Abril
 Serissa - de Abril a Setembro
 ➡  Veja o menu Compêndio uma lista completa a muitas outras espécies.

 ☠  A copa da árvore é o espelho das raízes. Assim, na maioria das vezes em que o bonsai se mostra com folhas pálidas, galhos secando e aparência debilitada, a causa está no sistema radicular. A água responde por 80% ou mais destes casos, seja por excesso como por falta. - Ver também Poda 4.