Como uma casa, o Bonsai necessita uma boas fundações. Tudo aquilo que você possa fazer para melhorar o vigor e o volume das raízes será refletido na parte visível da árvore. Uma estrutura forte e saudável da raiz é geralmente um combinado de alimento e poda, juntamente com um composto (terra) aberto e apropriado.
As raízes junto ao tronco devem ser expostas, isso dá aquela sensação de árvore adulta, poderosa e bem ancorada à terra. Uma árvore jovem não passa de uma vara espetada no chão sem interesse visual. Este alargamento da raiz é chamado de NEBARI. Tal como os ramos, as raízes devem estar no sentido radial em torno ao tronco como os raios de uma roda.
A estrutura da raiz deve estar o mais perto da árvore quanto possível, isto é, não devem ser demasiado longas, aglomerando-se no interior do vaso.

✄ MELHORANDO AS RAÍZES
Na figura abaixo vemos um sequência para melhorar as raízes num bonsai e para o iniciar o mais perto do tronco possível, tal como foi dito anteriormente.
(A) É como a árvore era inicialmente no momento da compra como planta de jardim ou colhida na natureza.
(B) Mostra a árvore na primeira poda. Diversas raízes principais foram cortadas e tratadas com hormonas de crescimento.
(C) é a árvore passado um ano. Já se notam novos rebentos nas partes cortadas.
(D) mostra os cortes restantes das raízes iniciais, também estes foram tratados.
(E) o resultado final. Uma boa estrutura radial da raiz, perto do tronco. Note que não foram todas podadas na mesma altura, mas em anos intercalados.

  

Se você se encontrar com uma árvore com uma ausência da raiz perto do tronco, ou talvez somente de um par de raízes grandes em posições pouco visíveis, então terá de induzir novas raízes a crescer furando a casca da árvore no sitio onde quer que novas raízes nasçam e aplicando aí hormonas de enraizamento. Esses furos serão depois tapados com musgo ou terra e esperar que novas raízes nasçam, as quais engrossam com o tempo. Tudo isto são processos demorados.

Ao comprar uma árvore para a conversão em bonsai ou colhendo-a na natureza, você notará que a árvore tem uma raiz principal a apontar para baixo. Essa raiz, que é a ancoragem da árvore ao solo, deve ser removida para que a árvore se ajuste ao vaso bonsai. Ver abaixo.
Este processo pode necessitar de ser realizado em diversas podas, dependendo do tamanho da raiz a cortar, mas atenção, não podar demasiado as raízes sem encurtar a copa da árvore, deverá existir um contrapeso entre a copa e a raiz, como vamos explica mais à frente.

    

✄ PODA DE RAÍZES E REPLANTIO
Podar as raízes é outros daqueles truques misteriosos que o fará mestre na arte Bonsai. Reconheço que o intimide, o pensamento de cortar o seu bonsai pelas raízes limitando-as a um pequeno vaso, mas não é bem assim e tudo é somente em beneficio para a árvore.
 - Porque podamos as raízes, é para manter a árvore mais pequena?
 - Não! A árvore está limitada no espaço e a poda de raízes é algo que se realiza para aumentar o seu vigor e para a manter com saúde.
Enquanto a árvore cresce as raízes estendem-se, alongam-se e nem todas são capazes de absorver os nutrientes que a árvore necessita para crescer, de facto esta absorção ocorre principalmente nas suas pontas. Em analogia seria como se você tentasse beber um pacote de leite através de uma palha com 10 metros de comprimento, necessitaria sugar duramente para recolher benefícios. O mesmo acontece com a árvore.
Não é necessário podar as raízes de uma árvore todos os anos, como já foi dito, mas seria um descuido deixar uma árvore jovem mais de dois anos sem lhe cortar a massa radicular. (Entenda-se por jovem, uma árvore com menos de 10 anos).
 Podando a parte aerea, os ramos, produzem-se brotes laterais, podando a raiz, produzem-se raízes laterais, cada uma capaz de alimentar e de irrigar a árvore.

✄ TEMPO DE PODA
O melhor tempo para a poda da maioria de árvores realizam-se na Primavera, logo que os rebentos apareçam mas antes que estes abram, porém as árvores de flor são diferentes. As árvores de flor dividem-se em duas categorias quando chega o tempo da poda, aquelas que florescem antes que sejam abertas as folhas, pré-folha e aquelas que as flores aparecem mais tarde, finais da primavera, quando já têm folhas.
As árvores de flor Pré-folha devem ser podadas depois que as flores apareçam mas antes que estas estejam abertas, quando as árvores de flor Pós-folha deverem ser podadas antes da abertura da folha.

Os mecanismos de poda são simples. Você necessitará como base:
 ❄ - Uma área de trabalho.
 ❄ - Bastante composto, mistura de terra adequada à espécie, para substituir o que você removerá.
 ❄ - Tesouras afiadas.
 ❄ - Rede de Nylon para tapar os furos de drenagem.
 ❄ - E algum método apropriado para fixar (amarrar) a árvore ao vaso, arame de alumínio para Bonsai é o geralmente usado, porém o arame de cobre é melhor, porque é mais resistente quando torcido.
Coloque a árvore na superfície de trabalho e retire-a do vaso.
Se a massa das raízes cobre todo o interior do vaso, então está no momento da poda. Deverá pentear as raízes para as distender e as poder cortar.
Remova (corte) aproximadamente 30% da massa total da raiz incluindo o solo. Ao executar este trabalho você deverá ter um pulverizador à mão para humedecer as raízes de vez em quando e evitar que sequem pois seria a morte da planta.
Se a árvore tiver uma estrutura desigual da raiz, com algumas menores do que outras, remova menos raiz nas partes mais curtas, assim estas crescem mais depressa ficando, com o tempo, os tamanhos homogeneizados.

CRIANDO UM CONTRAPESO ENTRE AS RAÍZES E A PARTE AÉREA
Ao podar as raízes deve ter em conta a massa folhar da planta, as raízes devem ficar mais curtas quanto menor for o volume da copa da árvore. Nos 3 exemplos abaixo o desenho central está desproporcional o que levaria à morte da planta. O primeiro e terceiro casos são os corretos. Resumindo: Quanto maior for a massa folhar, maiores terão de ser as raízes para as poder alimentar

     

Posto isto, passa-se ao chamado Repotting, ou seja, reenvaso. Cubra o fundo do vaso com uma camada de areão para conseguir uma boa drenagem, cobrindo depois com composto aproximadamente 1/3 da profundidade. Assente a árvore e adicione o restante solo tendo o cuidado que este ocupe todos os espaços em torno da massa da raiz, é usado frequentemente um palito ou pequeno bastão de madeira para introduzir a terra no meio das raízes. Eu utilizo um palito de bambu. Pressiona-se tudo para que não existam bolsas de ar.
Quando o solo estiver no lugar, após a plantação, assegure-se que o substrato não fique até à borda do vaso mas sim uns milímetros mais baixo para que no momento da rega a água não escorra para fora arrastando consigo a terra e, pior, não penetrando no terreno. Aconselho aplicar musgo ✱ que para além de embelezar, ajuda a prevenir a evaporação e a reter o substrato.
Polverize a árvore com um fungicida diluído em água e regue abundantemente, coloque então a árvore num ponto protegido do sol e do vento por alguns dias. Deixe secar o terreno antes da nova rega para que as raízes recuperem da poda.
Quanto a fertilizante, está fora de questão enquanto as raízes estiverem sensíveis e feridas devido à poda, isso poderá queima-las, mas também não é necessário alimentar, pois o novo substrato contém os nutrientes de que a planta necessita. Volte a alimenta-la só em meados do Verão e depois segundo a espécie em questão (consulte o menu Compêndio) .

 ✙ O fungicida sistémico é um medicamento que penetra na linfa da planta e a protege de possíveis fungos.
 ✱ O Musgo, 'Mizu-goke' em japonês, pode ser recolhido durante o inverno na natureza. Geralmente sobre pedras e rochas é onde se encontra o mais fino.
Para ter a própria produção de musgo, coloque gravilha numa bandeja e sobre esta, areia e turfa, onde irá plantar o musgo coletado. Vá regando para manter o fundo da bandeja sempre com água. Assim fica com uma plantação de musgo para utilizar na época do transplante (por vezes crescem até cogumelos, mas é normal).